לדברי התאגיד, בתקופת היערכותו לפעילות עצמאית, הסתבר לו כי העירייה, בטעות, לא חייבה את יפאורה לפי התעריפים הקבועים בכללי התעריפים ויש לחייב על פי כללי רשות המים. יפאורה טוענת בתגובה, כי על התאגיד להמשיך ולגבות ממנה את התעריפים שגבתה העירייה, כפי שנקבעו בהסכמים עם העירייה ואושרו בהסכם גישור ובפסק דין